Viroxis est une société de R&D qui développe au sein de l’institut Gustave Roussy des programmes innovants dans les domaines de l'immunité rétrovirale (vaccin et greffe) et de l'oncologie.
En particulier, la société Viroxis développe des ligands protéiques contre le cancer qui ciblent des protéines tumeur-spécifiques connues ou inconnues (thérapie ciblée et approche agnostique) — les ligands sont appliqués à la mise au point de nouveaux outils thérapeutiques : (1) anticorps/ligand drogue-conjugués (ADC), (2) ligands protéolytiques (Degron, bioPROTAC) et (3) virus oncolytiques ligand-dirigés. Les cibles visées sont des protéines intracellulaires mutées/modifiées (mutation drivers, néo-antigènes, protéines fusion) et des protéines de surface (marqueurs tumoraux, récepteurs impliqués dans le développement tumoral). Les recherches de Viroxis portent également sur le développement de ligands ciblant des rétrovirus infectieux et des virus impliqués dans des cancers (herpès virus EBV, CMV ; papilloma virus HPV et human T cell leukemia virus HTLV).
• Wet lab experiments : La société Viroxis, en collaboration avec le laboratoire de l’I2BC dirigé par Philippe Minard, recherche par phage display des ligands de type « alpha-Rep » dirigés contre des cibles tumeur-spécifiques connues et inconnues (voir par exemple : Thébault et al., 2022, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36067253/).
• Computer generated ligands: Viroxis utilise un pipeline d’outils « machine learning/artificial intelligence », en particulier AlphaFold2, ProteinMPNN et RF-diffusion (https://www.bakerlab.org/2023/03/30/rf-diffusion-now-free-and-open-source/). Création de ligands « from scratch » à l’aide d’approches génératives, ou scaffolding/modifications de ligands obtenus en phage display. Par ailleurs, à l’aide de modèle de langage, nous effectuons des recherches visant à identifier les motifs structuraux en interaction avec les ligands obtenus en phage display pour lesquels nous ne connaissons pas la cible
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