Alexandre Cormier Email & Phone Number

Nantes, Pays De La Loire, France

Région De Brest, France

Ingénieur au sein de la plateforme de bio-informatique SeBiMER, j'apporte mon expertise et mes compétences pour les projets d'assemblage et d'annotation de génomes, de transcriptomique et de métagénomique.

Umr 7267, Equipe Ecologie Evolution Symbiose

Umr1078, Laboratoire De Génétique Moléculaire Et D'Histocompatibilité

Ingénieur de Recherche en bio-informatique au sein du Laboratoire de Génétique Moléculaire et d'Histocompatibilité. Mes missions sont le développement et l'intégration de plugins pour les séquenceurs Ion Torrent dans le cadre de l'activité de diagnostique en cancérologie et en prénatal. J'ai développé 2 plugins, le premier pour détecter la présence d'ADN tumoral circulant (https://github.com/AllanSSX/IonCtDNA) et le second pour détecter la présence d'une trisomie chez le foetus à partir d'une prise de sang chez la mère (https://github.com/AllanSSX/IonNIPT). J'ai en charge l'archivage des données de séquençage en collaboration avec le service informatique du CHRU.J'ai également participé au projet d'étude de faisabilité du transfert en diagnostic de la technique de « Whole Genome Sequencing » dans le cadre de Déficiences Intellectuelles et/ou de Syndromes Malformatifs (Filières de Santé AnDDi-Rares et DéfiScience). Je me suis focalisé sur la détection et l'annotation des CNV et des remaniement chromosomique.

Umr 8227 - Laboratoire De Biologie Intégrative Des Modèles Marins

Sujet: Le modèle algue brune pour l’analyse fonctionnelle et évolutive du déterminisme sexuelRéalisation:-Identification du locus spécifique au sexe femelle. Annotation des gènes dans cette région (structurale et fonctionnelle).-Création d'un script pour l'identification d'erreurs d'annotation structural de gènes.-Réannotation structurale et fonctionnelle complète du génome d'Ectocarpus.-Assemblage de données transcriptomique (RNA-seq).-Analyse de l'expression différentielle des gènes entre individus mâles et femelles chez Ectocarpus à différents stades du cycle de vie.-Analyse de l'enrichissement fonctionnel de ces gènes.-Création de scripts pour automatiser les analyses (mapping, comptage des reads...) et intégration dans Galaxy.-Analyse des ARN non codants : miRNA, snoRNA et lncRNA.

Fr 2424

Missions: Développement autour de la plateforme Galaxy et construction de workflows pour l'analyse de données. Analyse des données de séquençage RNA-seq sur des espèces sans génome.Galaxy:-Portage de logiciel HECTAR sur la plateforme Galaxy (http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/393/) ainsi que d'autres outils.-Mise à jour du site de la plateforme ABiMS - http://abims.sb-roscoff.fr/-Participation au déploiement d'une machine virtuelle pour le pipeline d'annotation de génomes de plantes TriAnnot (http://urgi.versailles.inra.fr/Species/Wheat/Triannot-Pipeline)Bioanalyse:-Analyse de données RNA-seq.-Assemblage de novo de génome.

Région De Gent, Belgique

Doctorat, Bioinformatique

Sujet de thèse : "Le modèle algue brune pour l’analyse fonctionnelle et évolutive du déterminisme sexuel"

Master, Modélisation Des Systèmes Biologiques, Parcours Bioinformatique, Mention Assez Bien

Activities and Societies: Membre du Cercle Naturaliste des Etudiants Rennais

Licence, Biologie Et Ecologie Appliquée, Parcours Biologie Des Organismes Et Des Populations

Licence : mention Assez Bien DEUG : mention Assez Bien Projet personnel L3 : "Voyage et vie dans l’espace : Étude de la micropesanteur et.