Francesca Crucianelli Email and Phone Number

Estrazione di DNA da sangue con protocollo basato sull’utilizzo di fenolo-cloroformio o tramite kit-specifici.- Estrazione di DNA da tessuto fresco e paraffinato.- Estrazione di RNA da sangue mediante kit specifici- Utilizzo termociclatori standard e dotati della tecnologia veriflex e relativa messa a punto delle condizioni ottimali per PCR standard e FAST PCR.- Elettroforesi su gel d’agarosio- Utilizzo del sequenziatore automatico ABI PRISM 310 3100 e 3500 e dei software “GenScan analysis”, “Sequencing analysis” e “GeneMapper”.- Protocolli di sequenziamento diretto - Metodica MLPA ed MS-MLPA - Protocollo per analisi dei microsatelliti per la valutazione di LOH, MSI e costruzione di aplotipi.- Metodica High resolution melting analysis (HRM) e Methylation specific- high resolution melting analysis- protocollo per analisi Single nucleotide primer extension (SNuPE) - Utilizzo di programmi bioinformatici specifici per:• disegno di primers (Primer3, UCSC tool: PCR in silico)• ricerca di sequenze geniche e proteiche (NCBI) • allineamento di sequenze (BLAST). analisi in silico del significato clinico di varianti genetiche • ricerche bibliografiche (PubMed)- utilizzo del bioanalizzatore (Bioanalyzer) per la valutazione dell’integrità di campioni di RNA e per la valutazione della qualità delle library preparate a partire da campioni di DNA o RNA- utilizzo del fluorimetro Qubit per la quantizzazione di campioni di DNA e RNA- utilizzo di Real-time PCR tramite macchina STEP-ONE (Life Technologies) per la quantizzazione di campioni- utilizzo di c-BOT (Illumina) per la formazione di cluster e preparazione della flow-cell per il sequenziamento di tipo Next Generation Sequencing- utilizzo degli strumenti HiSeq 1500 e MiSeq per sequenziamento di tipo Next Generation Sequencing.