Jean-Pierre Desvignes

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Ingénieur bioinformatique @ GENOMNIS
Jean-Pierre Desvignes's Location
Marseille, Provence-Alpes-Côte d'Azur, France, France
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About Jean-Pierre Desvignes

Plus de 10 ans d'expérience en bioinformatique m'ont permis : D'analyser une multitude de données d'exome, de génome, d'ARN-Seq, de Chip-Seq, d'Atac-Seq.... Ces analyses ont donné lieu à de nombreuses collaborations avec des publications scientifiques où je suis coauteur. Concevoir des pipelines optimisés pour l'analyse et l'interprétation des données, notamment pour une utilisation sur un supercalculateur à mémoire partagée. Développer des algorithmes de prédiction (UMD-Predictor, HSF) et des outils d'aide à l'analyse et à l'interprétation des données tels que le logiciel VarAFT (Variant Annotation and Filter Tool) téléchargé plusieurs milliers de fois et utilisé dans de nombreux pays. Participer à des projets nationaux avec le développement de bases de données telles que BANCCO (Banque Nationale de CNVs Constitutionnel ). Augmenter mes connaissances en développement informatique avec la connaissance de langages tels que GO, PHP, Javascript et l'utilisation de frameworks associés VueJS, Laravel, Tailwind CSS.Toutes ces compétences sont maintenant au service de GenOmnis pour continuer à développer des outils innovants afin d'aider nos utilisateurs dans leurs recherches ou dans la conception de nouvelles stratégies thérapeutiques. --More than 10 years of experience in bioinformatics have allowed me : To analyze a multitude of data from exome, genome, RNA-Seq, Chip-Seq, Atac-Seq... These analyses have led to numerous collaborations with scientific publications where I am a co-author. To design optimized pipelines for data analysis and interpretation, especially for use on a shared memory supercomputer. To develop prediction algorithms (UMD-Predictor, HSF) and tools to help analyze and interpret data such as the VarAFT (Variant Annotation and Filter Tool) software downloaded several thousands times and used in many countries. To participate in national projects with the development of databases such as BANCCO (National Bank of Constitutional CNVs) To increase my knowledge in computer development with the knowledge of languages such as GO, PHP, Javascript and the use of associated framework VueJS, Laravel, Tailwind CSS.All these skills are now at the service of GenOmnis to continue to develop innovative tools to help our users in their research or in the design of new therapeutic strategies.

Jean-Pierre Desvignes's Current Company Details
GENOMNIS

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Ingénieur bioinformatique
Jean-Pierre Desvignes Work Experience Details
  • Genomnis
    Ingénieur Bioinformatique
    Genomnis Jul 2021 - Present
    Marseille, Provence-Alpes-Côte D’Azur, France
  • Protisvalor
    Ingénieur Bioinformatique
    Protisvalor Mar 2020 - Jul 2021
    Marseille, Provence-Alpes-Côte D’Azur, France
    U1251 - Equipe Bioinformatique et Génétique
  • Satt Sud-Est
    Ingénieur De Recherche "Maturation"
    Satt Sud-Est Sep 2018 - Feb 2020
    Région De Marseille, France
    Développement Logiciel BioinformatiqueAffecté à l'unité U1251 dans l'équipe "Bioinformatique et Génétique"
  • Université Aix-Marseille
    Ige Bioinformatique
    Université Aix-Marseille Nov 2011 - Aug 2018
    Umr_S 910 Aix Marseille Université
    Mise en place d'un Pipeline d'analyse d'Exome / GenomeAnalyse de données de Next Generation Sequencing (Exome,Genome,ChiP-Seq, RNA-Seq, ATAC-Seq, Single Cell RNA-Seq).Développement d'un outil d'annotation et de prioritisation de variants VarAFT : http://varaft.eu . Cet outil a été présenté a de nombreux training (VEP, 3g-Test, RD-Connect) et a été téléchargé 1200 fois représentant 50 pays différents depuis 2017.Développement d'un outil de prédiction du caractère pathogène d'un variant UMD-Predictor : umd-predictor.euDéveloppement de la base nationale des CNVs : http://bancco.frDéveloppement de la base nationale des SNVs : http://rdvd.frEnseignement lors du module BAM du M2 pathologie humaine (AMU) et du M1 pro Conseil Génétique (AMU)Intervention lors de la journée Academie Diagnostic proposée par la société AstraZeneca France (Présentation + Atelier)
  • Montpellier Genomix
    Ie Bioinformatique
    Montpellier Genomix Mar 2009 - Oct 2011
    Analyse de données Microarray et NGS.

Jean-Pierre Desvignes Skills

Bio Informatique Ngs R Rnaseq Bioinformatics Perl Java Blast Data Analysis Exome Sequencing Sequencing Microarray Linux Chip Seq Mysql Sciences De La Vie Php Laravel Javascript Jquery Twitter Bootstrap Go Vuejs Golang

Jean-Pierre Desvignes Education Details

Frequently Asked Questions about Jean-Pierre Desvignes

What company does Jean-Pierre Desvignes work for?

Jean-Pierre Desvignes works for Genomnis

What is Jean-Pierre Desvignes's role at the current company?

Jean-Pierre Desvignes's current role is Ingénieur bioinformatique.

What is Jean-Pierre Desvignes's email address?

Jean-Pierre Desvignes's email address is de****@****neuf.fr

What schools did Jean-Pierre Desvignes attend?

Jean-Pierre Desvignes attended Aix-Marseille University, Aix-Marseille University.

What are some of Jean-Pierre Desvignes's interests?

Jean-Pierre Desvignes has interest in Randonnées, Nouvelle Technologie, Pêche À La Ligne, Science And Technology, Informatique, Foot, Animal Welfare.

What skills is Jean-Pierre Desvignes known for?

Jean-Pierre Desvignes has skills like Bio Informatique, Ngs, R, Rnaseq, Bioinformatics, Perl, Java, Blast, Data Analysis, Exome Sequencing, Sequencing, Microarray.

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