Jérôme Compain Email and Phone Number

Analyse de logs

Recherche de CNVs chez le Peuplier- Analyses statistiques de validation des marqueurs (ACP, HCPC)- Assistance pour les besoins informatiques et bioinformatiques de l'équipe biologique- Formation de l'équipe bioinformatique aux méthodes utilisées- Participation à l'organisation du colloque EPGV_2016 à Angers

Analyse de données NGS à des fins d'étude cartographique et d'analyse GWAS ; développement d'outils et de workflows liés. - Définition des besoins des partenaires- Développement d'outils d'analyses (Python) et des tests associés selon les méthodes agiles- Utilisation de progiciels d'analyses NGS sur cluster Linux- Création et utilisation d'un workflow d'analyses- Diffusion des outils et workflows via Galaxy- Formation de l'équipe et des collaborateurs- Insertion… Show more Analyse de données NGS à des fins d'étude cartographique et d'analyse GWAS ; développement d'outils et de workflows liés. - Définition des besoins des partenaires- Développement d'outils d'analyses (Python) et des tests associés selon les méthodes agiles- Utilisation de progiciels d'analyses NGS sur cluster Linux- Création et utilisation d'un workflow d'analyses- Diffusion des outils et workflows via Galaxy- Formation de l'équipe et des collaborateurs- Insertion des marqueurs en base de données SQL (Talend) Show less

Benchmark d'outils de mapping pour le traitement de données NGS- Création de jeux de données de tests simulés ou réels- Référencement et utilisation poussée des outils existants- Développement d'outils de comparaison et analyse des résultats (Perl)- Résultats présentés dans un poster (ECCB 2014 - Jobim) et une conférence (ENS paris)