Markus Lüdin absolvierte das Gymnasium Typus B an der Kantonsschule Zürcher Unterland und studierte Germanistik und Anglistik an der Universität Zürich. Nach dem Lizentiat erwarb er das Diplom für das Höhere Lehramt und ein Zusatzdiplom in Theaterpädagogik . Von 1987 bis 2002 unterrichtete er Deutsch, Englisch und Theater an verschiedenen Zürcher und Berner Gymnasien. Er publizierte in den Bereichen Rhetorik und pädagogisches Qualitätsmanagement. Seit 2002 ist er Rektor der neu gegründeten Kantonsschule Menzingen (ZG). Von 2007 bis 2015 war er Mitglied der Schulkommission der Kantonsschule Zürich Nord. Er ist Mitglied der Maturitätskommission des Kantons Zug und Gastreferent des Schulleiter-Lehrgangs der Universität St. Gallen.