Mathilde B. Email & Phone Number

Paris, Fr

Analyses de données de séquençage dans un contexte diagnostique : exome, panel, RNAseq (détection de variants, détection de gènes de fusion, gestion de données UMI…) : -recherche et mise en place de nouvelles méthodes -création de rapports html interactifs avec R flexdashboard. -Maîtrise de Snakemake, Python et R pour le traitement, l'analyse et le maintient des scripts- Encadrement de stagiaire

Ville De Paris, Île-De-France, France

Développement de rapports automatisés (en utilisant rmarkdown) pour l'analyse de données RNA-seq, focalisés sur des stratégies de repositionnement d'actifs pour un client Soladis. Ces rapports comprenaient l'interprétation des résultats et la présentation des conclusions pertinentes pour leur stratégie.

Région De Paris, France

Expérience en analyse de projets génomiques diversifiés, notamment en :- RNA-Seq : alignement (avec Star), analyse différentielle (Deseq2), déconvolution (epiDISH), épissage alternatif (rMATS,SUPPA), correction de batch (ComBat), recherche de mutations- ChIP-seq : alignement (bowtie), détection de pics sur régions uniques et répétées (macs2, sicer, repEnrich), annotation des pics (chIpseeker), recherche de motifs (RSAT, Homer)- Single-cell : démultiplexage, alignement, intégration, clustering, (cellRanger, Seurat, DoubletFinder, Scrublet,Harmony), analyses de trajectoires (Monocle, PAGA, Velocyto)- Nanopore (MinIon) : benchmark d’outils et contrôles qualités des runs Au cours de ces différents projets, j’ai utilisé Snakemake pour l’automatisation des workflows, travaillé dans des environnements conda et avec un cluster de calcul. J'ai également développé des compétences en programmation en R et en Python pour l'analyse et la manipulation des données génomiques.https://dac.institutducerveau-icm.org

Région De Paris, France

Stage de 6 mois en bioinformatique à l'INSERM U1154, CNRS UMR7196, au cours duquel j'ai mis en place un pipeline d’analyse de données ChIP-Seq ciblant une marque d’histone localisée sur des régions répétées et uniques.Durant ce stage, j’ai eu l’occasion de réaliser un benchmark des outils et méthodes disponibles pour analyser les données, en particulier sur les régions répétées. Ensuite, j’ai automatisé les étapes en bash. L’analyse comprenait notamment : les analyses qualités, l’alignement sur génome de référence, détection de pics larges et étroits, visualisation des pics (avec des représentations en circos)

Hambourg, Allemagne

A six-week internship in the Cancer Research centre (part of the UKE) headed by Professor Klaus Pantel. This internship was supervised by Doctor Simon Joosse.Isolation of circulating tumor cells by different experimental methods and comparison of results by statistical analysis.Main tasks:- cell cultivation- use of a gradient for isolating individual blood cells- separation of cell population by magnetic separation- western blot- statistical analysis of the results (generalized linear model)

Allemagne

Schooling for 3 months in Germany as part of the Brigitte Sauzay program

Master'S Degree, Bioinformatics, Mention Bien

Licence, Cell/Cellular And Molecular Biology, Mention Assez-Bien

September-December2013 : First semester in PACES ( first year common to health studies) January 2014-June2016 : Bachelor's degree.