-Begeleiden van afstudeer studenten op het gebied van meten en monitoren van biodiversiteit met metagenomics technieken. -Docent module Biochemie Experimenteren-Gastdocent bij het CBD.-Dagvoorzitter LCAB symposium 2024-Deelbeheer LCAB LinkedIn pagina

Identificatie van (CITES) plant- en diersoorten mbv DNA technologie

- Methode ontwikkeling voor de verwerking van de benthische macrofauna om optimale Next Generation Sequencing data te genereren voor de metagenoom analyses van zoutwater organismen uit de Noord- en Waddenzee;- Methode ontwikkeling voor het barcoderen van oude gedroogde (een-cellige) foraminiferen, waarvan het DNA deels vergaan was;- Metabarcoderen en barcoderen van bacteriën, zeedieren en eDNA monsters, genomen tijdens de NICO5 en NICO10 expedities (Netherlands Initiative Changing… Show more - Methode ontwikkeling voor de verwerking van de benthische macrofauna om optimale Next Generation Sequencing data te genereren voor de metagenoom analyses van zoutwater organismen uit de Noord- en Waddenzee;- Methode ontwikkeling voor het barcoderen van oude gedroogde (een-cellige) foraminiferen, waarvan het DNA deels vergaan was;- Metabarcoderen en barcoderen van bacteriën, zeedieren en eDNA monsters, genomen tijdens de NICO5 en NICO10 expedities (Netherlands Initiative Changing Oceans) met ‘RV Pelagia’;- Methode ontwikkeling voor de verwerking van zoetwater organismen uit binnenlandse wateren voor de biodiversiteitskarakterisering met NGS;- NGS data verwerking met Galaxy;- Draagvlak creëren voor het verbeteren van de NGS workflow en voor het aanleggen van een DNA referentie database voor vissen waarbij het volledige mitogenoom van de aanwezige collectie is gesequenced met Next Generation Sequencing. Show less

- Verantwoordelijk voor de ontwikkeling, optimalisatie, productie, uitvoer, QC en evaluatie van de laterale flow test en dridot test voor buiktyphus, wat geleid heeft tot de best presterende laterale flow test voor buiktyphus. Dit onderzoek heeft geleid tot publicatie en de test wordt momenteel door Mondial Diagnostics op de markt gebracht;- Op eigen initiatief ontwikkelen van een proof of principle test waarbij de 4 Dengue typen op basis van hun nucleotide sequentie op een laterale flow… Show more - Verantwoordelijk voor de ontwikkeling, optimalisatie, productie, uitvoer, QC en evaluatie van de laterale flow test en dridot test voor buiktyphus, wat geleid heeft tot de best presterende laterale flow test voor buiktyphus. Dit onderzoek heeft geleid tot publicatie en de test wordt momenteel door Mondial Diagnostics op de markt gebracht;- Op eigen initiatief ontwikkelen van een proof of principle test waarbij de 4 Dengue typen op basis van hun nucleotide sequentie op een laterale flow test van elkaar onderscheiden kunnen worden;- Antigenen ontwikkeld door o.a. kloneren en tot expressie brengen van de target genen tbv. de te ontwikkelen detectie testen voor cholera, trachoma en HIV/syphilis. Deze HIV test wordt momenteel door Mondial Diagnostics verder ontwikkeld;- Voor een studie waarbij de verspreiding van Salmonella enterica enterica serovar Typhi stammen in Sulawesie in kaart werd gebracht, heb ik tandem repeats gezocht op het Typhi genoom en deze met behulp van PCR, sequencing en het genereren van fylogenetische bomen, geprofileerd, wat tot een publicatie heeft geleid; - Methode ontwikkeling voor het trainen van een elektronische neus om het verschil te ruiken tussen 3 sexueel overdraagbare aandoeningen’s in urine;- Analyse van de numerieke data van de elektronische neus met Discriminant Function Analysis;- (co)publicaties, artikelen, SOP’s, Batch records en product development files;2011-Trainen van de staff van Pakar Biomedika (Bandung, Indonesïe) in lateral flow test ontwikkeling en productie.- Lezing geven over POC test ontwikkeling bij de Faculty of Medicine, Universitas Padjadjaran op uitnodiging van Dr. Bachti Alisjahbana, MD. Show less

- Microbiologische biodiversiteitskarakterisering in natuurlijke sportgrasvelden om inzicht te krijgen in de relatie tussen gezondheid van het gras en de aanwezige micro-organismen biodiversiteit, met PCR DGGE;- DNA barcoding van micro-organismen in complexe substraten (grond, compost, planten e.d.) op o.a. 16s en ITS en microbioom profiling met denaturerende gradient polyacrylamide gelen; - Microbiologische biodiversiteit karakterisering van endofyten in gewassen met PCR-DGGE;-… Show more - Microbiologische biodiversiteitskarakterisering in natuurlijke sportgrasvelden om inzicht te krijgen in de relatie tussen gezondheid van het gras en de aanwezige micro-organismen biodiversiteit, met PCR DGGE;- DNA barcoding van micro-organismen in complexe substraten (grond, compost, planten e.d.) op o.a. 16s en ITS en microbioom profiling met denaturerende gradient polyacrylamide gelen; - Microbiologische biodiversiteit karakterisering van endofyten in gewassen met PCR-DGGE;- Klonering van HMW DNA in Bacterial Artificial Chromosomes voor de ontdekking van nieuwe antibiotica genen in het bodem metagenoom;- Bacteriofaag isolatie uit oppervlaktewater voor onderzoek naar de (biologische) bestrijding van Ralstonia;- Karakteriseren van de microbiologische biodiversiteit in steenwol in relatie tot de onderdrukking van Pythium afanidermatum in komkommerplanten (kas experimenten en PCR DGGE);- Identificeren van een micro-organisme welke was aangetroffen in een batch knakworsten;- Karakteriseren van de microbiologische biodiversiteit van met papier cellulose behandelde grond in relatie tot Rhizoctonia infectie van bloemkool (kas experimenten en PCR DGGE);- Gen expressie analyse en optimalisaties van DNA micro arrays op basis van aardappel genen arrays;- Gen expressie analyse van antioxidant genen in transgene tomaten met DNA Microarrays en Q-PCR. Show less