"Étude moléculaire des pathogènes de la vigne"Suivis épidémiologiques de Plasmapora viticola et Erysiphe necator pendant la saison viticole 2023

- Suivis de développement des agents microbiologiques présents dans les échantillons de vin tout au long de l'itinéraire œnologique (Brettanomyces bruxellensis, Zygosaccharomyces bailii, Torulaspora delbrueckii, bactéries acétiques, bactéries lactiques et autres germes pathogènes)Production de milieux de culture, filtration des échantillons, ensemencement, culture cellulaire sur milieux sélectifs et analyse des résultats

- Récolte des échantillons sur le terrain, extraction d’ADN, qPCR, séquençage nouvelle génération (NGS)- Suivis sporulation de Plasmapora viticola et Erysiphe necator, design et optimisation de couple d'amorces pour la détection d'autres agents pathogènes (Botrytis cinerea, Venturia inaequalis)- Mise au point d’une méthode de simplification du protocole de préparation de librairie pour séquençage NGS + méthode de séquençage applicable aux échantillons de spores- Quantification des gènes de résistances aux produits phytosanitaires chez Plasmapora viticola et Erysiphe necator- Optimisation des protocoles de laboratoireCompétences: -Extraction d'ADN-PCR quantitative -Séquençage NGS (MinION)-Analyse bio-informatique

Gestion du point chaud et froid

Amplification du gène ompA de Chlamydia trachomatisRecherche de SNP par alignement de séquences Comparaison des variants identifiés par rapport à ceux décrits dans la littératureCompétences: -PCR -Séquençage -Analyse des séquences -Alignement et BLAST -Réalisation d'arbre phylogénétique

Emploi saisonnier

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