Grupo de Biopsia líquida (ONCO-1) - Unidad de Investigación clínica y traslacional en cáncer

Unidad de Datos

Unidad de Bioinformática-Desarrollo de Trabajo Fin de Máster titulado "Desarrollo de un pipeline de análisis gene-by-gene para el estudio de brotes en un contexto de Salud Pública".Tareas/Objetivos principales:1. Actualización, remodelado y mejora de Taranis, un software basado en el enfoque gen por gen (cgMLST/wgMLST) para la tipificación bacteriana en el contexto de brotes y de sistemas de vigilancia microbiológica inicialmente desarrollado en la Unidad de Bioinformática del Instituto de Salud Carlos III.2. Desarrollo de GeneByGeneBact, un nuevo pipeline de análisis automatizado, reproducible, portable y estandarizado que recoge todos los pasos de control de calidad y preprocesado necesarios preaviamente a la tipificación bacteriana así como el análisis de tipifiacación completo llevado a cabo por Taranis. Desarrollado utilizando el motor de flujo de trabajo Nextflow siguiendo las buenas prácticas de la comunidad nf-core.3. Validación de Taranis. Aplicación sobre datos reales y comparación con otras herramientas cg/wgMLST preexistentes.